Początki posługi saletynów w Warszawie są związane z historią parafii pw. św. Teresy od Dzieciątka Jezus we Włochach, utworzonej w 1934 roku. Pierwszym jej proboszczem był ks. prałat Julian Chrościcki, będący także rektorem Wyższego Seminarium Duchownego w Warszawie. W czasie okupacji niemieckiej został on aresztowany i osadzony w więzieniu na Zamku Lubelskim. Wówczas złożył ślub, że jeśli odzyska wolność, postara się utworzyć w swojej parafii ośrodek kultu maryjnego.

Ks. Chrościcki postanowienie to zrealizował w 1948 roku, sprowadzając do swojej parafii saletynów. Podpisał umowę z ks. prowincjałem Michałem Kolbuchem MS, w której parafia zobowiązała się, że po przykryciu dachem nowego kościoła nastąpi podział terytorialny parafii, a saletyni otrzymają dotychczasową drewnianą kaplicę znajdującą się w Nowych Włochach. Zakonnicy w zamian mieli pomagać w duszpasterstwie oraz postarać się o plac pod budowę kościoła w Starych Włochach.

1 listopada 1948 roku ks. Władysław Baran MS objął obowiązki wikariusza parafii pw. św. Teresy we Włochach. Z jego inicjatywy w latach 1950-1953 wybudowano dom zakonny przy ul. Bratniej 5. Później zakupiono kilka parcel przy ul. Popularnej jako plac pod budowę kościoła.

Po długoletnich staraniach, w 1956 roku, uzyskano zezwolenie na przeniesienie dotychczasowego kościoła drewnianego z Nowych Włoch na Stare.

Parafia pw. Matki Bożej Saletyńskiej powstała jako filia parafii św. Teresy w sierpniu 1957 roku. Jesienią 1957 roku rozebrano drewnianą kaplicę i przewieziono jej elementy na plac budowy.

Pasterka 1957 roku to pierwsza Msza św w nowym ośrodku duszpasterskim na Starych Włochach. Prowizoryczną kaplicę przy ul. Popularnej poświęcił  ks. prałat Julian Chrościcki.

Projekt przeniesienia kościółka wykonano na zlecenie parafii św. Teresy od Dzieciątka Jezus. Autorem projektu zatwierdzonego 22 listopada 1957 roku był mgr inż. Henryk Goetzen.

Na podstawie umowy kard. Stefana Wyszyńskiego z ks. prowincjałem Bronisławem Młynarskim MS 1 kwietnia 1958 roku duszpasterstwo parafii zostało przekazane saletynom. Pierwszym jej proboszczem był ks. Władysław Baran MS. Pod koniec grudnia 1959 roku kościół przy ul. Popularnej został zbudowany w stanie surowym i pokryty dachem.

W 1959 roku zakupiono do kościoła figurę Matki Bożej Płaczącej. Był to gipsowy model figury Matki Bożej z Dębowca.

W 1962 roku zakupiono do ławy kościelne według projektu prof. Jana Budziły, rektora Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Ławy wykonał p. Rak z Nowowsi pod Strzyżowem. W 1965 roku położono nową posadzkę z płytek terakotowych.

W 1967 roku Zgromadzenie  Księży Misjonarzy Saletynów zakupiło dla kościoła 18-głosowe organy.

9 i 10 września 1967 roku odbyła się wizytacja kanoniczna parafii, którą prowadził bp Jerzy Modzelewski. W 1969 roku urządzono prezbiterium według wymogów odnowionej liturgii soborowej, a w 1970 roku zakupiono figurę Matki Bożej Saletyńskiej do głównego ołtarza – odlew z brązu według projektu P. Pawłowskiej z Krakowa. Figurę poświęcił bp Władysław Miziołek.

W 1976 roku kard. Stefan Wyszyński utworzył samodzielną parafię pw. Matki Bożej Saletyńskiej.

25 września 1977 roku odbyły się w naszej parafii centralne uroczystości 75-lecia pracy duszpasterskiej księży saletynów w Polsce z udziałem bp. Władysława Miziołka –  delegowanego przez kard. Stefana Wyszyńskiego oraz z udziałem ks. generała Lionela Le Maya MS. Podobne uroczystości odbyły się we wszystkich placówkach saletyńskich, m.in w Krakowie 18 grudnia 1977 roku z udziałem kard. Karola Wojtyły.

Na początku lat 80. saletyni wybudowali dużą plebanię przy ul. Popularnej, w której zamieszkali w 1986 roku. W latach 90. rozbudowano świątynię i dobudowano wieżę, wybrukowano teren wokół kościoła oraz ustawiono kamienną figurę Matki Bożej Saletyńskiej. Parafia obecnie liczy około 8 tysięcy wiernych.

Dom zakonny przy ul Bratniej 5 w latach 1958-1986 służył jako plebania parafii, a także w latach 1964-1970 jako dom prowincjalny. Po rozbudowie w latach 1985-1988 został przeznaczony na siedzibę Kurii Prowincjalnej Zgromadzenia Księży Misjonarzy Saletynów.

Proboszczowie parafii

1957-1964 – ks. Władysław Baran MS
1964-1970 – ks. Stefan Mycak MS
1970-1978 – ks. Władysław Baran MS
1978-1979 – ks. Antoni Ciuła MS
1979-1985 – ks. Fryderyk Przybycień MS
1985-1988 – ks. Bronisław Fura MS
1988-1994 – ks. Jerzy Szpunar MS
1994-2000 – ks. Stanisław Michalski MS
2000-2006 – ks. Andrzej Szklarski MS
2006-2009 – ks. Kazimierz Wolan MS
2009-2015 – ks. Wojciech Bober MS
2015-2021 – ks. Grzegorz Ozga MS
od 2021 – ks. Karol Tomczak MS